Non dai informazioni sufficienti per poterti rispondere.
In particolare non scrivi che DTD usi (vedi "tag" DOCTYPE)
e non dici in quale/quali versioni di IE hai testato
Dici di postare lo script, ma non lo posti - e probabilmente comunque non aggiungerebbe informazioni utilizzabili

La mia sfera di cristallo mi dice che hai una DTD transitional, o comunque di tipo vecchio.
Prova a passare a XHTML 1.0 Strict.
E magari hai dei float o dei posizionamenti non innestati correttamente.