per esperienza personale ti sconsiglio di utilizzare l'ambiente integrato WTP di eclipse (passando in produzione si sono presentati una marea di errori di configurazione): mi ha fregato una volta, le volte successive ho sfruttato eclipse solo per debugger (si fa prima in altre situazioni se non si usano strumenti automatici sempre se non si ha chiaro cosa significhi ogni opzione).
La struttura di una web application è abbastanza standard e facile da gestire con altri mezzi.
Riguardo al tuo problema, vai a scaricare la versione per web development dal sito web di eclipse.