A partire dalla versione 5.3.6 non ci sara' piu' la versione VC6 (per apache) compilata con legacy Visual Studio 6, ma solo piu' la versione VC9 (per IIS) compilata con Visual Studio 2008.

Ho verificato pero' che con la versione 2.2.17 di apache funziona senza problemi il modulo php VC9 mentre con le precedenti versioni di apache no.

nella pagina di download del php 5.3.6 per windows viene suggerito di utilizzare la versione di apache rilasciata da apache lounge http://www.apachelounge.com/download/

Leggi attentamente le note nella colonna di sx della pagina di download.
http://windows.php.net/download/ ovviamente da scaricare sara' la versione Thread Safe zip

The VC9 versions require you to have the Microsoft 2008 C++ Runtime (x86) or the Microsoft 2008 C++ Runtime (x64) installed