I due campi FILE avranno due ID e NAME diversi, spero!
Ti basta fare così:
Codice PHP:
/* 
QUESTO È QUELLO CHE HAI NELLA FORM (più o meno)

<input type="file" id="nome_variabile_input_UNO" id="nome_variabile_input_UNO" />
<input type="file" id="nome_variabile_input_DUE" id="nome_variabile_input_DUE" />
*/

if ($_FILES['nome_variabile_input_UNO']['error'] == 0) {
   
// blocco di codice
} else { 
   
// altro blocco di codice
}


if (
$_FILES['nome_variabile_input_DUE']['error'] == 0) {
   
// blocco di codice
} else { 
   
// altro blocco di codice