Anche il MySQL administrator (che non conosco ma immagino visto che e' un client per mysql) ha un'impostazione relativa al charset, che stabilisce in che modo dialoga con le tabelle. Se tu hai le tabelle in utf8, i contenuti in utf8 ma l'administrator e' istruito per lavorare in latin1, allora vedrai i caratteri male. Cerca tra le configurazioni dell'administrator per valori come 'collation_connection' o simili.