Ho risolto così

Codice PHP:

var contatore = 0;

if(form.agenzia.length == undefined) form.agenzia.length = 1;

    for (var i=0,l=form.agenzia.length; i < l; i++)
    {
    var el=(l==1)?form.agenzia:form.agenzia[i];
       if (el.checked)
          {
          var agenzia = el.value;
          contatore++;
          }
    }