E' dura rispondere a queste domande generiche.
Bisognerebbe vedere se hai delle conoscenze di qualcosa o meno...

Io userei OsCommerce oppure Drupal+Moduloecommerce (entrambi gratuiti).

E' ovvio che se ti appoggi ad una agenzia spendi molto, ma hai anche delle garanzie che la cosa funziona.
Se fai da te o se fa "il tuo amico" non hai certezze.

La terza soluzione (acquistare un programma per ecommerce) la provai anni fa e fu un fallimento. Quelli che ti vendono il pacchetto fanno di tutto per farsi richiamare (paghi l'assistenza) e poi il codice che sta sotto non si può toccare... Parlo della **mia** esperienza... magari non sono tutti così...