se non ho capito male quello che devi fare è più o meno questo:
Codice PHP:
<form name="tuoForm" method="post" entype="multipart/form-data"  onsubmit="return inviaForm();">
<input type="text" id="xxx" name="xxx" /> 
     <input type="text" id="yyy" name="yyy" /> 

// ... in questo punto dovrei passare alla pagina dichiarata nella form un parametro var3 da riprendere con $_GET, oppure semplicemente dovrei cambiare il valore che ha la variabile var2


     <input type="submit" id="invia" name="invia" /> 
</form>
<script type="text/javascript">
function inviaForm()
{  
    document.tuoForm.action ="pagina.php?var1=<?Php echo $valore1?>&var2=<?PhP echo $valore2?>";
    return true;
}
</script>
in questo modo vai a scrivere la action alla fine del form, quando hai già i dati che ti servono.