Ciao, se ho campito bene puoi usare l'oggetto Confirm Button Extender dell'Ajax Control Toolkit (gratuito). E' come la Confirm() di Javascript, ma può essere customizzato a piacere. Inoltre lavora lato server, anche in modalità asincrona, e quindi praticamente puoi farci ciò che vuoi.

ti rimando ad un esempio qui:
http://www.asp.net/ajax/ajaxcontrolt...irmButton.aspx

Ciao,
b.