Cosa intendi per modulo? cmq penso che la posizione del modulo sia una cosa a se...
Se poi all'interno del modulo e del suo codice(se ho capito e' il modulo e' una cosa cosi'..tipo una form) viene caricato un js la posizione non penso che cambia.
Se sai che nel modulo A viene caricato AA.js lo levi dal modulo o lo carichi a se nel head per dire...
Non so esattamente come vengono gestiti i modui con joomla.