No no, non è una sciocchezza, ma purtroppo è inutile.
I parametri da passare sono quelli effettivi , quindi anche criptandoli con md5 non va bene.
Esempio pratico :

codice:
String user = "prova";

/*CODICE PER CRIPTARE user con md5*/
String userCrypt= "stringa criptata";

Connection c = DriverManager.getConnection(url, user, password);
Quindi dal codice capisco che la stringa user è stata criptata in md5 e il suo risultato è univoco quindi si puo risalire alla passw effettiva..