la domanda che tutti ci poniamo è: qual'è il tuo problema? e non intendo mentale, intendo pratico. Nel senso che all'interprete php che tu gli dia 10 0 5kb di codice non è che gli pesa più di tanto, quindi non hai vantaggi in termini di velocità etc... o almeno, nulla di significativo e qualcosa di difficilmente misurabile (ho visto test dove le differenze erano veramente irrisorie, mooolto irrisorie)

quindi poniti il problema se quell'include logicamente ci deve essere o meno, non guardare al peso.

Comunque, per opinione personale, usare if + include non mi pare una buona pratica. Secondo me è tendenzialmente sintomo di cattiva programmazione o di scelte azzardate. Comunque dipende sempre dal contesto e dal "perchè", non lo dico come un assioma.