Vediamo se ho capito...
-Hai un applicazione WEB che legge determinati siti attraverso il componente IE
-Un sito però non è visibile attraverso questo componente(????).
-Come soluzione richiami un servizio(?) (LatoServer?) che apre chrome (???) e ne carica i risultati.
-In locale funziona sul server no.

Se in locale funziona e lato server no, probabilmente sono i permessi.