Le mie conoscenze sono ancora elementari, ma credo che se carichi un DB con lo stesso nome quello precedente verrà sovrascritto, se il nuovo DB è più aggiornato mi sembra logico che si provveda alla sostituzione di quello online col più recente.

Nel caso in cui ci sia qualcosa importante che dev'essere preservato fai un backup di quello online, se c'è spazio sufficiente sul server carichi il nuovo DB con un nuovo nome mantenendo quello che è già online, così potrai selezionare i "records" da aggiornare e trasferisce su quello nuovo usando phpMyAdmin, dopodiché, cancelli il vecchio e rinomina il nuovo.

Sono molto "artigianale" nel trovare soluzioni forse c'è qualche procedura più automatizzata che per ora mi sfugge.

Ciao