Verificare il sito per Webmaster tools non c'entra niente con l'inserimento del sito nell'indice del motore, quindi dovresti chiarire meglio cosa intendi fare.

L'indicazione del meta tag, nelle due versioni che hai indicato, non è né vecchia né nuova; semplicemente nel primo caso è un tag che segue le specifiche di XHTML, mentre nel secondo caso quelle di HTML. A seconda del tipo di documento in cui lo inserisci devi adottare una versione o l'altra. Questo comunque difficilmente potrà dare problemi di lettura del meta tag.