Fai bene a non utilizzare le tabelle a scopo di impaginazione (per i dati tabellari ovviamente vanno utilizzate).
Il motivo principale per cui molti sviluppatori ancora usano le tabelle per i layout è legato al fatto che semplicemente non si sono aggiornati sull'uso dei div, continuando a ritenere l'uso delle tabelle più semplice per impaginare i tipi di siti che fanno, soprattutto per quanto riguarda la resa nei diversi browser.
Ovviamente chiunque fa uso dei div e dei CSS per l'impaginazione sa che questi sono molto più flessibili (oltre che più adatti) nella realizzazione di qualsiasi tipo di layout.
Il discorso delle animazioni Flash non c'entra, dal momento che basta utilizzare il tag object (e non embed), eventualmente collegato ad un div per visualizzarle senza alcun problema.