L'unica è andare direttamente nel portale di yahoo, accedere alla tua email e cancellare direttamente tutte le email vecchie che non vuoi leggere (dovresti poterlo fare a gruppi di email).
Poi quando hai lasciato solo quelle che vuoi lanci il tuo programma di posta e le scarichi.

E comunque, come dice blekm, 3.000.000 di email ??