mi sa che devi aggiornare lo script piu' che modificare impostazioni di configurazione.

da 5.1 a 5.2
http://it.php.net/manual/en/migration52.php

da 5.2 a 5.3
http://it.php.net/manual/en/migration53.php
con un occhio molto attento alle funzioni deprecate ed a quelle incompatibili.

Principalmente short tag <? invece del tag <?php l'uso di <?= al posto di <?php echo, le magic quotes ora in off, register globals, le eregi sono i mali piu' comuni e ricarrenti che devono essere corretti.