Ciao, forse stai facendo un po di confusione

Se la guida dice metti questo nel tag head..
<head> ... <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/imgareaselect-default.css" /> <script type="text/javascript" src="scripts/jquery.min.js"></script> <script type="text/javascript" src="scripts/jquery.imgareaselect.pack.js"></script> ... </head>

Non vuol dire che cosi' com'e' funzioni.. o meglio..

imgareaselect-default.css
jquery.min.js
jquery.imgareaselect.pack.js
sono file che devi avere scaricato col paccheto, devi averli e se vuoi che funzioni esattamente cosi' devi avere la stessa struttura dicartelle.
Cosi' come scritto dovresti avere sotto la tua cartella principale le cartelle script e css coi relativi file indicati messi li come d'esempio.

Il codide javascrip poi solitamente lo si mette sempre all interno del tag <head> e dopo l'inclusione dei file utili.

Oppure incluso sempre dopo queste inclusioni se su file esterno.