[b]- che db usi?
MySQL

- il server è ben dimensionato?
Non capisco cosa intendi? Se è organizzato bene nel senso di ridondanze, dati, tabelle,...? Si.

- a che ora fai l'aggiornamento?
Ogni 6 ore

- che vuol dire "il server ne risente"?
Durante queste fasi (che durano anche più di 10 minuti), le richieste al server sono elevate... in più le richieste degli utenti...