C'era un errore nel codice che ti avevo scritto, fai una prova cosi:

codice:
function calcola(el1,el2) {
  var decimal = "";
  var prez_e = el1.value;
  prez_e = prez_e.replace(/\,/, ".");
  if(prez_e.indexOf(".") != -1){
  	decimal = prez_e.split(".");
  	decimal = decimal[1].length;
  }
  var prez = parseFloat(prez_e);
  var scon = parseFloat(el2.value);
  var net = String(Math.round((prez - prez*scon/100) *100) / 100);
  if(!isNaN(net)){
  	document.carrello.totalescontato.value = new Number(net).toFixed(decimal);
  }
}