Scusa ma visto che il tuo è un problema di hosting perchè non ti orienti verso l'installazione di un pannello di gestione di un servizio di hosting che ti permette di gestire in maniera coordinata web,ftp,mail, ssh etc. evitando di farti impazzire....

Penso ad ispconfig per esempio del sito howtoforge.com
in pratica ti indicano cosa installare, programmi famosi come apache,proftp,postfix etc. e poi ti installi il loro pannello,che consiste in un sito in php per la gestione...

poi dipende se stai facendo queste cose per studio tuo o vuoi un servizio completo che sia pure + gestibile...

Te lo dico perchè anch'io sono partito dall'installazione di singoli servizi e alla fine sono approdato ad una soluzione integrata..

oltre a ispconfig ci sono sicuro varie alternative .. anzi se trovi qualcosa di interessante in questo senso posta qualche soluzione che ti piace (eccetto cose a pagamento tipo Plesk di Parallels)

Ciao