Ma gli utenti in che modo entrano nel sistema ?

se devono solo modificare il loro spazio basta una soluzione ftp con utenti virtuali tipo proftp+mysql che includa già il chroot e così possono leggere e scrivere solo nella loro directory...

io per esempio nei sistemi l'accesso "da terminale" agli utenti non lo do mai, per fare i siti possono usare ftp e in rete locale se hanno bisogno di accedere ad altre aree glielo permetto con samba...poi basta

se vuoi farli entrare in ssh ti rimando alle risposte di prima dei vari chroot kit...come quello suggerito dall'altro utente...

Spero di esserti stato utile...

buon lavoro!