1) e 2) chiedi al tuo fornitore (register)

3) Cybeduck lo configuri guardando "Più opzioni" -> Percorso (e ci scrivi la dir che sarà la root del sito, nel tuo caso Public o_quello_che_è)

4) Tutto ciò che nella root del sito non è roba tua ... anche se la cancelli non fai danno... vai tranquillo