praticamente ti serve una cosa del genere:
http://nashruddin.com/displaying-ran...your-page.html dove invece di richiamare la function out2browser ti basterebbe

Codice PHP:

$img = imagecreatefrompng($path_to_ico_file);
 header("Content-type: image/png");
            imagepng($img); 
e quindi invece di

codice:
<link rel="icon" href="http://www.NOMESITO.EST/favicon.ico" />
avrai

codice:
<link rel="icon" href="http://www.NOMESITO.EST/pagina_ico.php" />
anche se con le favico non l'ho mai fatto non so se funge, dovrebbe comunque.