1. perché hai due doctype?
2. perché usi la sintassi html se hai inserito una [due] dtd xhtml?

Modificando la risoluzione, ad esempio, a 1024x768, certe scritte che compaiono nel flash vengono tagliate!
usi dei posizionamenti assoluti, ed in più l'overflow hidden anche sul body (per cui è normale che se l'area della finestra del browser è minore delle dimensioni del tuo div #contenitore con flash posizionato, la parte eccedente viene tagliata via.
Elimina il posizionamento, elimina l'overflow (dopo ovviamente aver corretto gli errori di sintassi sul codice), e mettendo una risoluzione inferiore ti dovrebbero comparire le scrollbar

per contro, non mi risulta che tu possa centrare in verticale un div in maniera tableless senza fare ricorso ai posizionamento assoluti.
quindi:
. o riprogetti il flash anche per le risoluzioni inferiori
. oppure le ignori
. oppure intabelli (ma in quest'ultimo caso sulle risoluzioni inferiori avrai comunque la scrollbar)
. oppure fai una detection per le risoluzioni e servi contenuti / codici differenti