Perché scomodare un include quando puoi avere l'intero menù già implementato nella pagina?
Io preferirei lavorare sull'index con i pochi div che compongono la struttura del menù mentre raggruppare in foglio JS esterno tutte le funzioni che lo gestiscono. Lavorare in JS permette di poter aggiungere/aggiornare voci, fare un'effetto "slide" o farlo sparire all'occorrenza...

Se lavori con MASTERPAGE ti conviene caricare una volta sola tutto il foglio JS di gestione nell'<head> anziché richiamare ogni volta tutto il file menu.htm...

Comuqnue questi sono punti di vista, rimando eventuali critiche ai gestori di questo forum che sono decisamente più autorevoli e preparati di me in materia