se te la cavi con VB.NET allotra direi VB.NET più che PHP cosi da avere una considerevole velocità rispetto a PHP, anzi, puoi anche far svolgere il lavoro in parallelo cosi da ottenere performance ancora superiori (sfruttando due thread per coordinare il lavoro di download dell'html ed il lavoro di ricerca nei file ed un threadpool per svolgere le singole operazioni riusciresti ad eseguire in parallelo sfruttando al massimo l'hardware senza però piantare tutto)

con php, d'altro canto, lo puoi mettere su un server e quindi lo possono usare più persone in contemporanea senza dover dare loro gli aggiornamenti o le copie corrette

in pratica: quante persone devono usare questo software?

Se sei solo tu o comunque una sola persona allora direi che lo dovresti fare in VB.NET altrimenti, onde evitare il caos di distribuire aggiornamenti e via dicendo, php

PS: io lo farei in C#