Ciao, in sostanza i file li puoi includere quando vuoi nell html col tag script.
Per coerenza si possono mettere nell'head (solitamene) o alcuni a fondo pagina.
Dipende poi cosa fa un file, in alcuni casi si preferisce includere alla fine per far si che tutto l html venga caricato e che non comprometta magari qualche chiamata/funzionde del js.

Per unificare o meno... se usi pagespeed plug in di FF consiglia di unificare i js per un piu' veloce caricamente della pagina.