Ciao Kovacs74,
Nel frattempo immagino che hai già trovato una soluzione, in ogni modo, per verificare i permessi vai su phpMyAdmin e vede nella parte superiore dove sono le varie opzioni e trovi appunto la voce "privilegi" o qualcosa di simile dipendendo dalla lingua preimpostata, quindi, tra i vari utenti c'è sicuramente quello "root" che ha "ALL PRIVILEGES" e può fare del bene e del male.
Per quanto riguarda i file di configurazioni basta verificare se sono impostati nei permessi per lettura e scrittura e cosi puoi (sempre un backup) editare delle configurazioni, indipendentemente dal tuo sistema operativo il concetto non cambia.
Se puoi permetterti del tempo, fai tutte le prove che vuoi in locale con "LAMPP" o "XAMPP" ... senza andare a toccare alle tabelle sul hosting.
Scusami il ritardo, non sono per ancora un assiduo del forum e principalmente non sono ancora in grado di offrire certezze, almeno per quanto riguarda MySQL.
Ciao.