Ovvero, per essere ancora più chiari:

Prima viene caricato il file php sul server, poi viene eseguito (il codice php viene eseguito, il codice html viene semplicemente riportato intonso) POI il tutto viene inviato al browser; il server ha FINITO di lavorare a questo punto.

A questo punto il browser lo riceve e mostra la pagina, e se tu clicchi sul submit di una form allora parte un'ALTRA richiesta al server (per la stessa pagina o per un'altra, a seconda di cosa c'è nell'action della form) che fa ripartire questo processo da capo.

Ciao!