Io lo faccio settando il TableModel della tabella in questo modo:
codice:
        Object[] names = {"nome", "cognome"};
        
        Object[][] values = { 
            {"mario", "rossi"},
            {"giuseppe", "verdi"}
        };
        
        System.out.println(table.getModel().getClass());
        
        table.setModel(new DefaultTableModel(values, names));
        
        ((DefaultTableModel)table.getModel()).removeRow(0);
La classe DefaultTableModel definisce un metodo apposito, quindi potresti fare un for per eliminare tutte le n righe. Secondo me c'è qualche altro metodo più immediato nel caso lo trovassi lo posto