Quando usi quel JavaDB con Netbeans non fai altro che usare Derby in versione server quindi la comunicazione col database avviene tramite la porta 1527. Quando poi porti il tuo programma in un'altra macchina, il programma cerca di connettersi alla porta 1527 della macchina in cui si trova, quindi all'indirizzo localhost:1527, ma non essendonci nessun JavaDB in esecuzione su quella porta in quella macchina ti da errore.
Per creare il database embedded devi usare queste due righe di codice:
codice:
Class.forName("org.apache.derby.jdbc.EmbeddedDriver"); 

String url = "jdbc:derby:prova;create=true;user=admin;password=pass";
La prima riga carica il driver per la versione embedded di derby, la seconda crea un database di nome "prova", crea un utente con nome "admin" e password "pass", se create è true crea il db se non esiste già.

Credo che sia proprio quello che cerchi.