No, io non farei un sito parallelo: finirebbe per essere il figlio della serva, quello che non aggiorni mai e che "anche se non va è lo stesso"...

Semplicemente, in tutti i casi in cui è possibile senza diventare pazzi, prevedi che le pagine possano funzionare anche senza javascript, secondo la logica del graceful degradation.

Quanto al discorso di avere tutte le pagine in un'unica url, in linguette o simili che si caricano con ajax, io la trovo proprio una pessima idea: perchè togliersi la possibilità di avere tante belle url diverse, tutte da dare in pasto ai motori e tutte bookmarkabili dall'utente che voglia andare direttamente a una di esse?