Beh... innanzi tutto ti serve un database di appoggio, in cui crei una tabella (per iniziare) dove vai a salvare determinate informazioni.
Puoi salvarci l'IP del visitatore (per verificare gli accessi unici, ad esempio), il momento in cui l'utente si è loggato, la pagina visualizzata dall'utente, puoi verificare anche il referrer, cioè la pagina da cui l'utente provinene (se interna o esterna al tuo sito).
In ogni pagina del tuo sito, in capo allo script, non fai altro che andare a salvare queste informazioni nel DB.
Per effettuare i controlli statistici, dovrai innanzi tutto provvedere ad avere un back-end, cioè una sezione di amministrazione coperta da password.
Una volta che l'amministratore del sito ha effettuato il login, potrà interrogare il DB con degli script appositi ed ottenere le statistiche.
Ora, qui viene il bello: incrociando i dati (con opportune query al DB) potrai davvero scoprire l'impossibile sulle visite al tuo sito.
Più di questo non posso dirti, perché credo che lo script finale dovrai concretizzarlo te, in base a quelle che sono le tue esigenze.