Ho risolto , anche se la cosa mi lascia un po' perplesso.

In pratica, essendo la macchina con l'application server in inglese, era come se java chiamasse oracle in inglese, prevedendo quindi il punto come separatore di migliaia. Perchè non comanda la lingua del db? Così è uguale da ovunque io mi colleghi!! Va bhè...
Ad ogni modo, mi è bastato aggiungere nel costruttore della classe che si interfaccia al database la riga
codice:
Locale.setDefault(Locale.ITALY)
e così viene aperta la connessione in italiano e quindi con la virgola come separatore decimale.