Il db embedded non si crea solo da codice java (se questo che intendi) perchè ti basta puntare da qualsiasi programma per l'interrogazione di db, per esempi Squirrel, a un url costruito in questo modo : jdbc:derby:<Percorso assoluto dove creare il database>;create=true.
Cmq per vedere se uno schema o tabella esiste già puoi usare queste due query :
codice:
select 1 FROM SYS.SYSSCHEMAS where schemaname = ?;
 select 1 From SYS.SYSTABLES where tablename = ?;