se devi controllare che un numero non sia presente più volte nella matrice devi fare una cosa tipo:

selezioni il primo numero e lo memorizzi (ti serve un doppio for)
scorri tutta la matrice alla ricerca di altri numeri uguali (ti serve un doppio for innestato al doppio for di prima, devi assicurarti che non ricontrolli il numero nella posizione di quello che hai memorizzato, altrimenti non ha senso)
appena ne trovi uno uguale stampi il messaggio (avrai indici di riga e colonna appositi)
se non trovi corrispondenze non stampi niente

selezioni il secondo numero
etc etc...