Ad esempio: ho il disco A con il sistema operativo sulla porta 1 ed il disco B sulla porta 2; il bios mi vede il disco A come primo ed è impostato per fare il boot da li.
Spostando il disco A sulla porta 3 (e rimane il B sulla porta 2), potrebbe succedere che il bios vede come B come disco 1 e A come disco 2, quindi tenta il boot dal disco 2.
Se capita, devi semplicemente andare nel bios ed impostare il boot dal disco giusto.