Si, si può fare, lo fa anche Facebook...

Devi inviare una mail all'utente da un indirizzo che tu potrai ricondurre alla discussione padre... a quel punto quando l'utente risponderà tu potrai parsare la mail di risposta e capire a quale discussione aggiungere il commento...

Credo ti serva un'indirizzo email catch-all per gestire le risposte... esempio io rispondo alla discussione con id 10, tu mi mandi una mail dall'indirizzo discussione.10@robot.tuosito.it io rispondo a quell'indirizzo e tu parsi la mail che ti arriva e inserisci il commento nella discussione corretta...

una roba del genere... oppure generi un hash da usare come mittente...