sperando di aver capito:
dovrebbe aver chiesto se le strutture condizionali (if else) rallentano il codice rispetto al caso in cui è "liscio" senza condizioni.

La mia risposta: in termini infinitesimali SI... praticamente no.

In termini empirici (mia esperienza, senza conferme teoriche...) direi che ciò che "rallenta" sono elaborazioni che coinvolgono mole grosse di dati. Ad esempio:
query "pesanti";
clicli con molti dati e molto lunghi;
le regex (eventualmente impiegate per fare parse di stringhe mooolto lunghe... tipo intere pagine web);
leggere dati da siti esterni (simplexml, file_get_contents, etc etc).