una soluzione permanente non la conosco, e' incredibile che il problema sia ancora li' dopo cosi' tanto tempo

puoi comunque rimuovere il bordo nero a fine animazione, nel callback
il succo del discorso e':

$('#idElemento').fadeIn('slow',function(){
if(...sniff per IE9...) $(this)[0].style.removeAttribute('filter');
})

aggiungendolo manualmente ad ogni fade o scrivendoti un plugin che gia' incorpori il fadeIn/fadeOut modificato

ciao