Ci sono mille modi per fare una classe wrapper per interagire col database. Tipicamente avrai un costrutture che si occupa di creare la connessione e vari metodi per gestire le operazioni. Se non ti serve una cosa particolarmente strutturata, puoi evitare del tutto di crearti una tua classe ed usare direttamente l'interfaccia PDO fornita da PHP.

In ogni caso, a meno che a te non interessi proprio l'aspetto didattico di costruirti tutto da zero, ti consiglio di usare un framework MVC (codeigniter, kohana, zend, ecc.): ti fornisce le basi per le operazioni piu' comuni gia' pronte, ti prepara una struttura per organizzare il tuo progetto e ti da' la solidita' di un prodotto gia' testato da una grossa base di utenti.