va in timeout lo script aumenta il tempo come indicato. Certo che se devi fare 12 milioni di record a botta di script, lo dovrai aumentare parecchio questo tempo di esecuzione... fai pure delle query nel ciclo, mi immagino io...

ma perchè non implementi la funzione di aggiornamento direttamente nel mysql e la fai richiamare da php o come ti pare?