quando l'utente mette i suoi dati memorizzi tutto nel DB.
il campo aggiuntivo lo chiameremo ATTIVATO e sarà = 0.
Quando l'utente riceve la mail dovrai inviargli il link ad un indirizzo tipo
codice:
http://www.tuosito.com/TUAPAGINA.PHP...il@suamail.com
il campo mail deve ovviamente essere UNIQUE.
Nella pagina in questione fai tipo:
Codice PHP:
 $mail = $_GET['mail'];
UPDATE tabella SET ATTIVATO = 1 WHERE mail = '$mail' LIMIT 1; 
il giochetto è fatto.
ovviamente puoi fare vari controlli, però se vuoi una soluzione veloce questa è..