l'utente apache esiste eccome, si chiama appunto "apache". e si possono tranquillamente eseguire comandi shell con exec. Salvo diversa configurazione e comunque "al netto dei permessi". Nel senso, quando esegui il comando shell lo fai come utente apache, che ha una miriade di limitazioni (in più immagino che se stai in safe_mode nel php.ini ci siano ulteriori limitazioni) e potrebbe essere necessario abilitare permessi, ad esempio con sudoers, per avviare l'esecuzione di alcuni file.