Sicuramente Magento è un'ottima scelta, inoltre permette una buona varietà di scelta su come gestire i prodotti dei vari produttori, a seconda delle esigenze.

Ti confermo che si basa su MySQL e PHP, più precisamente sul framework Zend, quindi per poterci mettere mano con serenità ti converrebbe avere almeno un'idea di cose il sistema MVC (Model View Controller).

Se decidi per questa strada metti pure in preventivo i mesi di studio, Magento ha una curva di apprendimento piuttosto alta e per certi versi tortuosa, se però non ti scoraggi subito e riesci a superare le difficoltà iniziali saprà darti grandi soddisfazioni e ti ritroverai a disposizione uno strumento potente ed estremamente modulabile.

Ti sconsiglio di acquistare la guida italiana, se non ricordo male l'unica traduzione disponibile è quella relativa al Theming che, oltre ad essere utile solo dal punto di vista della grafica e poco più è piuttosto datata, dovrebbe fare riferimento alla 1.3 (siamo alla 1.5) e di cose, anche nella gestione dei temi, ne sono cambiate da allora.

Si può implementare qualsiasi metodo di pagamento, alcuni sono già implementati nel core come ad esempio il bonifico bancario e paypal, inoltre è già predisposto un sistema per autorizzare un numero di carta di credito, nel caso tu voglia implementare un pagamento server to server (ad es. Banca Selle S2S).

Come ti dicevo il codice, soprattutto all'inizio, non è affatto semplice, ma se mastichi un po' di inglese riesci a trovare facilmente aiuto nel forum ufficiale, la community italiana al momento è ancora molto scarna.