scusate l'ultima cosa...
codice:
while(rot>0){
	pos = pos + rot % 26;
	pos%=26;
	System.out.println("Carattere con rotazione : " + array[pos]);
	System.out.print("Rotazione --> ");
	rot = in.nextInt();
	pos = 0;
}
facendo così alla seconda richiesta di rotazione incomincia da capo

esempio:
carattere = 'x'
rotazione = 1
carattere con rotazione = y
rotazione = 2
carattere con rotazione = c

perchè mi stampa c e non z ????