sarà una questione di percorsi.. o di privilegi...
Codice PHP:
<?php
if ($_SERVER['REQUEST_METHOD'] == "POST" && isset($_POST['elimina'])) {
    $check = $_POST['check'];
    foreach ($check as $delete) {
        $cancella = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . "cartelladovestannoifiles/" . $delete;
unlink($cancella);
echo $cancella . "
";
    }
}
?>
prova così, almeno escludiamo qualcosa..