Ok tutto chiaro, allora:

Per l'html5 e' stato introdotto il tag NAV (Guarda QUI ) usabile con questa sintassi:

<nav id="menu1">[*]Tuo Listato
</nav>

Per capire come creare "lo scheletro" con i CSS3 ti rimando a questo articolo (ovviamente per farlo FULL HTML5 e CSS3 devi applicare il tag NAV al nuovo listato e strutturare la pagina.

Ad esempio se vuoi che la navigazione sia a destra del sito usa anche il tag "aside" che indica codice generico fuori dal contenuto principale:

<aside id="barra_dx">
<nav id="menu1">
//LISTATO DA APPLICARE CON I CSS VEDI LINK SOPRA
</nav>
</aside>

Ricordati di inglobare anche uno script che "generi" i nuovi tag introdotti dall'html5 per poter visualizzare correttamente la pagina anche con browser "obsoleti". Fai cosi:

Dentro l'head metti:
codice:
<!--[if lt IE 9]>
      <script src="http://html5shiv.googlecode.com/svn/trunk/html5.js"></script>
<![endif]-->
In questo modo (if) se viene rilevata una versione di IE inferiore alle 9 che non supporta i tag html5 il sito richiama lo script e genera i tag "onfly" per essere usati in modo corretto.

Per l'integrazione con PHP/MYSQL dovresti postare un po di codice ma penso non fosse questo il tuo problema.
Fammi sapere se ti serve altro aiuto! ciao!